日本福井县人。1904到1906年鲁迅在日本仙台学医时的解剖学老师。早年在爱知县立医学专门学校毕业后,即在该校任教。1901年转任仙台医学专门学校讲师、教授。1915年返乡自设诊所,受到当地农民的尊敬。鲁迅逝世后,他作有《谨记周树人君》的文章。鲁迅在《藤野先生》中记叙了藤野严九郎的音貌和品行,表达了对藤野先生的怀念和敬仰之情。